Agencija obavlja poslove vezane uz lijekove i medicinske proizvode sukladno zakonskim propisima Republike Hrvatske. Aktivno doprinosi zaštiti i promoviranju javnog zdravstva osiguravajući da su lijekovi i medicinski proizvodi koji se stavljaju u promet u Republici Hrvatskoj odgovarajuće kakvoće, učinkovitosti i neškodljivost te pružajući korisne i jasne informacije pučanstvu i zdravstvenim radnicima.