Hrvatski hidrografski institut obavlja znanstvenoistraživačke, razvojne i stručne radove vezane uz sigurnost plovidbe Jadranom, hidrografsko-geodetsku izmjeru Jadrana, marinsku geodeziju, projektiranje i izradu pomorskih i drugih karata i nautičkih publikacija i pomagala, oceanološka istraživanja, istraživanje geologije podmorja, te izdavačko-tiskarske radove.